Археогенетика, как видно из названия, занимается обоснованием изменений в организмах в прошлом человечества. Фактически эта дисциплина, применяя методики и принципы популяционной генетики, изучает развитие генов человека на всем протяжении истории рода человеческого на Земле. Этот термин ввел в употребление всемирно известный английский археолог, автор Анатолийской гипотезы, Колин Ренфрю. Археогенетика изучает ДНК древних организмов, которые сохранились в окаменелостях и археологических остатках, сравнивает их с ДНК современных популяций, и таким образом находит связи между прошлым и современностью, устанавливая процессы развития человечества и окружающего мира планеты.
Также одним из методов исследований в археогенетике является сравнительный метод, когда статистические данные относительно археологических находок сравниваются с данными, полученными при помощи исследований на уровне молекулярной генетики. Это дает возможность ученым видеть картину происходящего в  прошлом в более полном объеме. Благодаря археогенетике были выявлены и определены т.н. генетические маркеры, которые позволяю устанавливать связи между народами и языками в исторической перспективе, в частности, именно благодаря генетическим маркерам ученые смогли определить, каким было доисторическое население современной Европы.
Многие растения, особенно те, которые люди употребляют в пищу, были исследованы генетиками, и на основании генетического анализа были установлены их предки, так как и одомашненных животных. Археогенетика в настоящее время развивается довольно быстрыми темпами и ученые со всеми мира пытают при помощи ее методик заполнить пробелы в истории развития всего живого на планете, используя для исследований те археологические находки, которые были найдены в последнее время и которые дают возможность выделить из них ДНК.